Agencijom upravlja upravno vijeće, koje se sastoji od predsjednika upravnog vijeća i člana upravnog vijeća. Upravno vijeće donosi programe rada i razvoja Agencije, nadzire njezino izvršavanje, odlučuje o financijskom planu i godišnjem obračunu, predlaže osnivaču Agencije promjenu djelatnosti, daje osnivaču Agencije i ravnatelju Agencije prijedloge i mišljenja o pojedinim pitanjima te donosi odluke i obavlja druge poslove određene zakonom, aktom o osnivanju i statutom Agencije.
Agencija u upravnom vijeću ima i predstavnika iz reda zaposlenika.

Upravno vijeće Javne ustanove „Regionalna razvojna agencija Primorsko-goranske županije“ čine:

mag.oec Martina Voštić –  predsjednica Upravnog vijeća
dr. sc. Mirko Grošić – član Upravnog vijeća
Sanja Ivetić – članica Upravnog vijeća, predstavnica radnika